核磁共振副作用是能导致金属物质移位，如种植牙、起搏器、金属支架等，所以这类患者人群禁止行该检查，防止出现严重后果；同时，核磁共振检查时间相对比较长、噪音也比较大，会影响患者听觉，严重可以导致听力受损。
核磁共振优点也很多，相比CT检查对血管和神经成像更精准，并且是不具有辐射的一种无创检查。
