干扰素可用于治疗多种疾病，由于具有广谱的抗病毒、抗肿瘤以及提高免疫的作用，所以可用于多种疾病的治疗。比如可用于病毒感染性疾病，例如单纯疱疹，尖锐湿疣，都可用干扰素去治疗。也可以用于治疗急慢性病毒性肝炎。
对于皮肤科的扁平疣，也可以使用干扰素进行辅助治疗。此外还可以用于某些肿瘤的治疗，比如血液系统的霍奇金氏淋巴瘤。皮肤科恶性肿瘤，比如基底细胞癌、恶性黑素瘤，都可以使用干扰素进行辅助治疗。
