肉芽肿性乳腺炎需要病理诊断，病理上主要可以观察到病理镜下有很多肉芽肿组成，还有很多的炎症细胞浸润。
肉芽肿的构成成分主要是上皮样细胞、多核巨细胞、中性粒细胞以及其它的淋巴细胞。浆细胞并不是主要的，因此不是浆细胞性乳腺炎。其镜下是一片肉芽肿，一片炎症细胞，呈团或者结节状，主要破坏的部位是小叶，所以称为小叶性乳腺炎。
小叶性乳腺炎主要靠显微镜进行诊断。临床怀疑小叶性乳腺炎，最后的诊断都是靠病理。但是目前很多病理医生不认识小叶性乳腺炎，导致目前研究出现困难和瓶颈。
